Biaya pendidikan yang ada di pondok pesantren Al-Wafa terdiri atas biaya spp yang dibayarkan per bulan, biaya buku dan seragam, dan sumbangan pembangunan, wakaf sarana santri, hingga biaya perawatan sarana prasarana. Berikut kisaran biaya pendidikan Pesantren Al-Wafa Bekasi jenjang SMP.