Biaya masuk di pondok Pesantren Lembah Arafah terdiri dari dana Sumbangan Pendidikan (DSP), biaya asrama per tahun, wakaf tempat tidur, wakaf lemari, biaya seragam (mencakup seragam khas smp islam Arafah, seragam khas muslim, seragam pramuka, dan seragam olahraga), serta biaya SPP per bulan.